Convidado por Mário Covas, então governador de São Paulo reeleito, licencia-se da Câmara dos Deputados para assumir a Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Desenvolvimento Econômico. Durante sua gestão, prioriza a expansão do ensino profissionalizante em São Paulo, com a construção de novas Escolas técnicas (ETEC’s) e Faculdades de Tecnologia (FATEC’s). Destaque para a FATEC AE Carvalho, a primeira faculdade pública e gratuita da zona leste - região mais populosa de São Paulo. A administração José Aníbal também…
Presidente da Comissão de Constituição e Justiça (CCJ) da Câmara dos Deputados, atua de forma decisiva para a criação do Dia Nacional de Vacinação do Idoso. Nas eleições, se reelege para o 3º mandato de deputado federal.
Novamente eleito líder do PSDB na Câmara, José Aníbal defende o fim das aposentadorias especiais para deputados federais. Sua iniciativa é fundamental para a extinção do Instituto de Previdência dos Congressistas (IPC), em outubro de 1997. É criado então o Plano de Seguridade Social dos Congressistas (PSSC), que exige, para a concessão integral da aposentadoria, 35 anos de contribuição e 60 anos de idade, sem fazer distinção entre homens e mulheres. A adesão ao PSSC é opcional. Caso o parlamentar não ingresse no plano, ele…
Torna-se líder do PSDB na Câmara durante o primeiro governo FHC. É considerado um dos parlamentares mais influentes do Congresso. Atua de forma central na aprovação das reformas institucionais que abriram a economia ao investimento privado, como por exemplo, a quebra dos monopólios do petróleo e das telecomunicações.
José Aníbal tem atuação destacada na articulação para aprovação do Plano Real, que pôs fim à hiperinflação que assolava a população brasileira há anos. Nas eleições, é reeleito deputado federal.
Assume o mandato na Câmara dos Deputados.
Recebe convite de Mário Covas e filia-se ao recém-criado PSDB. Disputa sua primeira eleição, ficando como deputado federal suplente.
Retorna ao Brasil. Escolhe São Paulo para viver e constituir sua família. Nos anos seguintes, filiado ao MDB, partido de oposição à ditadura militar, coordena campanhas pelas Diretas Já.
Morando em Paris, José Aníbal conclui seus estudos em Economia na Universidade Sorbonne e começa a trabalhar no Instituto para o Desenvolvimento dos Povos (Inodep). Dirige também a revista Conjuntura Brasileira e começa a coordenar a criação de Comitês pela Anistia no Brasil.
José Aníbal é obrigado a deixar o Brasil e parte para o exílio no Chile. Após o golpe militar de Pinochet no mesmo ano, deixa o país rumo ao Panamá. De lá, segue para a França.