- 1999
Convidado por Mário Covas, então governador de São Paulo reeleito, licencia-se da Câmara dos Deputados para assumir a Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Desenvolvimento Econômico. Durante sua gestão, prioriza a expansão do ensino profissionalizante em São Paulo, com a construção de novas Escolas técnicas (ETEC’s) e Faculdades de Tecnologia (FATEC’s). Destaque para a FATEC AE Carvalho, a primeira faculdade pública e gratuita da zona leste – região mais populosa de São Paulo. A administração José Aníbal também promove políticas de incentivo e consegue atrair e manter importantes empresas para o Estado, gerando empregos e renda para a população paulista, com destaque para Embraer, Jacto e a implantação da EMS em Hortolândia.